Важнейшими направлениями деятельности СБУ являются разведка и контрразведка. В структуре СБУ создан Департамент контрразведывательной защиты экономики государства. Служба безопасности, согласно со своей компетенцией, противодействует разворовыванию государственного или коллективного имущества в особо крупных размерах, хищению или противоправному использованию бюджетных средств, осуществляет контрразведывательную работу в финансовой и кредитно-банковских системах, в сферах приватизации, внешнеэкономической деятельности.

Служба безопасности Украины также борется с терроризмом и наркобизнесом, нелегальной миграцией. Для успешного проведения таких операций налажены контакты с Интерполом, зарубежными правоохранительными органами.